In welcher Menge chemisch-synthetische Pflanzenschutzmittel in Lebensmitteln zu finden sein dürfen, ist gesetzlich festgelegt. EU-weit gelten dieselben Höchstwerte, auch für Waren aus Drittländern. Für jeden Wirkstoff von Pflanzenschutzprodukten gibt es einen eigenen Höchstwert. Dieser muss sicherstellen. dass Rückstände nicht in Mengen vorhanden sind, die ein inakzeptables Gesundheitsrisiko für Menschen darstellen.
Im Rahmen dieser Untersuchungen werden auch Pestizidrückstände in Lebensmitteln gefunden. Meistens handelt es sich dabei nicht nur um einen Wirkstoff, sondern es werden häufig Rückstände unterschiedlicher Pestizide analysiert. Mehrfachrückstände sind oft nicht vermeidbar, wenn die Pflanzen oder das Erntegut mit unterschiedlichen Wirkstoffen behandelt wurden. Über die damit verbundene sogenannte Summenwirkung auf die menschliche Gesundheit gibt es immer noch kaum Untersuchungen. Diese sind auch schwierig umzusetzen, weil der Mensch auch anderen stofflichen Belastungen ausgesetzt ist.
Ebenso schwierig wie die Abschätzung der Summenwirkung ist es, mögliche Auswirkungen durch eine lebenslange Belastung mit Pestiziden eindeutig abzuschätzen. Weiterer Forschungsbedarf wäre auch nötig, was die Auswirkungen hormonell wirksamer Stoffe, zu denen auch viele Pestizide gehören, auf den menschlichen Organismus betrifft.
Was Untersuchungen hingegen klar zeigen, ist, dass Biolebensmittel keine bzw. nur sehr geringe Rückstände von Pflanzenschutzmitteln aufweisen.
In einer amerikanischen peer-reviewed Studie konnte gezeigt werden, dass bei einem Umstieg auf eine Ernährung mit Biolebensmitteln bereits nach einer Woche die vorab gemessenen Pestizidgehalte im Urin deutlich gesunken waren.
Rückstände im Spurenbereich sind in den seltenen Fällen, in denen sie auftreten, vor allem darauf zurück zu führen, dass eine vollständige Rückstandsfreiheit nicht uneingeschränkt garantiert werden kann, da die Produkte nur so sauber sein können wie die Umwelt. Trotz aller Sorgfalt können Kontaminationen nicht immer vermieden werden. Diese Rückstände sind in der Regel allerdings nicht auf absichtliche Anwendungen zurückzuführen. Spuren von Pestiziden können durch Abdrift von konventionellen Nachbarfeldern auf Bio-Ware gelangen. Aber auch durch den Transport und die Lagerung von Rohwaren in Containern oder Lagerräumen, die gegen Pilzbefall und Schädlinge behandelt und nicht ausreichend gereinigt wurden. Solche Verunreinigungen sind nicht im Interesse der Biolandwirt/innen, deshalb wird alles unternommen, um dies zu vermeiden.