Immer noch nicht ganz wegzudenken ist der Einsatz von Kupfer, da dadurch Pilzkrankheiten erfolgreich in Schach gehalten werden können. Trotzdem wird der Kupfereinsatz in der biologischen Landwirtschaft kritisch gesehen. Das Schwermetall bleibt lange im Boden und kann sich in hoher Konzentration negativ auf Bodenlebewesen und Pflanzen auswirken. Doch wird heute eine Kupferbelastung in Böden festgestellt, stammt diese in den meisten Fällen aus der Vergangenheit, als in der Landwirtschaft allgemein noch sehr hohe Kupfermengen ausgebracht wurden. In den letzten Jahrzehnten wurden die Kupfermengen ständig verringert, im Biolandbau sind die eingesetzten Mengen mit max. 6 kg/ha und Jahr sehr gering. Dennoch ist man bestrebt, nach Alternativen zu forschen, um den Einsatz von Kupfer weiter zu reduzieren bzw. vollständig durch andere Methoden zu ersetzen. Es gibt mittlerweile zahlreiche Forschungsvorhaben, die Pflanzen- und mikrobielle Extrakte auf ihr Potenzial, Kupfer zu ersetzen, testen. Manche sind durchaus vielversprechend, zu den tragenden Säulen der Kupferreduktion zählen aber weiterhin resistente Sorten, nachhaltige Pflanzenernährung und einwandfreies Saat- und Pflanzgut.
