So vielfältig die vorbeugenden Maßnahmen sind, so überschaubar sind die direkten Regulierungsmöglichkeiten im Biolandbau. Die Auswahl der erlaubten Pflanzenschutzmittel ist sehr begrenzt. Die zugelassenen Wirkstoffe sind in der EU-Bio-Verordnung angeführt, dürfen allerdings auch nur dann verwendet werden, wenn vorbeugende Maßnahmen allein nicht mehr ausreichen. Der Biolandbau setzt dabei überwiegend auf Pflanzenschutzmittel auf naturstofflicher oder mikrobieller Basis. So kommen hochwirksame Pflanzenschutzpräparate, die aus Teilen des tropischen Neem-Baumes oder aus Chrysanthemen hergestellt werden, gegen verschiedene Insektenarten zum Einsatz. Kaliseifen, Öle und Pflanzenextrakte werden zur direkten Regulierung von Schadorganismen eingesetzt, Schwefel als Fungizid. Auch Mikroorganismen (Bakterien, Viren, Pilze) und von Mikroorganismen erzeugte Substanzen kommen zum Einsatz.
Zusätzlich haben sich im Biolandbau Pflanzenstärkungsmittel wie Gesteinsmehle, Pflanzenjauchen, Tees, Algen- und Kompostextrakte und ätherische Pflanzenöle bewährt und erhöhen die Abwehrkräfte der Pflanzen. Auch mechanische Abwehrmittel wie Kulturschutznetze und Vliese gegen Kohlerdflöhe oder Gemüsefliegen kommen zum Einsatz. Unerwünschte Beikräuter versuchen Biobäuerinnen und Biobauern unter anderem durch ausgewogene Fruchtfolgen in Schach zu halten bzw. vor allem mechanisch zu regulieren.
Der Einsatz der biologischen Pflanzenschutzmittel muss spezifisch für eine bestimmte Kultur und einen bestimmten Schadorganismus erfolgen und ist mengenmäßig und vom Zeitpunkt her klar begrenzt. Neben der EU- Bio-Verordnung, in der die zugelassenen Pflanzenschutzmittel genau aufgelistet sind, gibt es einen detaillierten Betriebsmittelkatalog, in dem in Österreich registrierte und zugelassene Pflanzenschutzmittel für den biologischen Anbau samt den entsprechenden Indikationen (Schadorganismus, Kultur, Anwendungsbereich) und Bezugsquellen aufgelistet sind. Jeder Einsatz eines Pflanzenschutzmittels muss aufgezeichnet werden, die Aufzeichnungen müssen bei der Bio-Kontrolle vorliegen.
