Die weit verbreitete Vorstellung, dass in der Bio-Landwirtschaft einfach nicht gespritzt und gedüngt wird, greift deutlich zu kurz. Auch im Biolandbau überlässt man die Pflanzen nicht sich selbst und es gibt zahlreiche Strategien, um sie gesund zu halten. Chemisch-synthetische Pestizide sind allerdings strikt untersagt. Deshalb ist es wichtig Krankheiten und Schädlingen so gut wie möglich vorzubeugen und Beikräuter laufend zu regulieren.
Um gesunde Pflanzen und zufriedenstellende Erträge zu garantieren, setzt man in der biologischen Landwirtschaft unter anderem verstärkt auf Erhaltung und Steigerung der Bodenfruchtbarkeit, vielseitigen Anbau verschiedener Kulturpflanzen (Fruchtfolge), Mist, Kompost und Gründüngung statt schnelllöslicher mineralischer Düngemittel, Kultivierung standortangepasster Arten und Sorten und die Wahl des optimalen Saat- und Erntezeitpunktes.
Der Pflanzenschutz in der biologischen Landwirtschaft bedarf eines vielseitigen Systems verschiedenster Maßnahmen, die an die Stelle einer reinen Symptombekämpfung treten. Außerdem macht man sich die ökologischen Selbstregulationsmechanismen der Pflanzen zu Nutze um sie so gesund und widerstandsfähig gegen Schädlinge zu machen. Dieser ganzheitliche Ansatz erfordert allerdings ein solides Verständnis der Zusammenhänge und viel praktisches Können.
Ergänzend werden zur direkten Abwehr überwiegend natürliche Substanzen eingesetzt. Die Auswahl der erlaubten Pflanzenschutzmittel ist sehr begrenzt. Die zugelassenen Wirkstoffe sind in der EU-Bio-Verordnung angeführt. Ein detaillierter Betriebsmittelkatalog gibt Auskunft über in Österreich registrierte und zugelassene Pflanzenschutzmittel für den biologischen Anbau samt den entsprechenden Indikationen (Schadorganismus, Kultur, Anwendungsbereich) und Bezugsquellen. Jeder Einsatz eines Pflanzenschutzmittels muss aufgezeichnet werden, die Aufzeichnungen müssen bei der Bio-Kontrolle vorliegen.
Auch Pflanzenstärkungsmittel wie Gesteinsmehle, Pflanzenjauchen, Algenextrakte und ätherische Pflanzenöle sind im Biolandbau altbewährt und erhöhen die Abwehrkräfte der Pflanzen. Unerwünschte Beikräuter versuchen Biobäuerinnen und Biobauern unter anderem durch ausgewogene Fruchtfolgen in Schach zu halten bzw. vor allem mechanisch zu regulieren – chemisch-synthetische Herbizide sind klarerweise nicht erlaubt.